Dua bulan selepas peristiwa Dahagi Singapura, kebangkitan Tok Janggut pula meletus di Kelantan! Setelah berjaya menawan Pasir Puteh, Tok Janggut membentuk pemerintahan baharu di Pasir Puteh.
Perbincangan antara pembesar Istana Jeram (Raja Jeram, Tok Janggut dan para panglima) bersama wakil pembesar Istana Kota Bharu (Imam Kadir dan Haji Che Su) yang bertujuan untuk mencari penyelesaian memperlihatkan usaha awal untuk meredakan ketegangan. Namun, Istana Kota Bharu yang dipengaruhi oleh British telah salah faham dan mengakibatkan ketegangan semakin memuncak. Tok Janggut dan para pengikutnya hanya mahukan keadilan terhadap beban cukai, namun terpaksa pula berhadapan dengan gelaran penderhaka.
Walaupun tentera British menggunakan kekerasan dan strategi licik, namun penduduk tempatan setia dan teguh dengan perjuangan Tok Janggut apabila mereka tidak memberikan maklumat kepada penjajah. Khatib Abu Bakar merupakan syuhada pertama dalam gerakan jihad ini menambahkan nilai simbolik dalam perjuangan mereka.
Komik Tok Janggut 2 bukan sekadar kisah jihad Tok Janggut dan para pengikutnya, tetapi perjuangan moral melawan kezaliman.